왜소음경을 가진 환아에서는 뼈성장이 지연되고, 냄새를 맡지 못하는 무후각증, 학습능력 감소, 부신피질자극호르몬과 갑상선자극호르몬의 결핍 등이 동반되는 경우가 많습니다. 어떤 경우에는, 왜소음경을 가진 남자는 적은 정자수를 가질 수 있으며, 이로 인해 불임을 초래할 수 있습니다.